FSC森林認證有兩種費用：直接費用即認證本身的費用和間接費用即為滿足認證要求，森林經營單位在提高管理水平、調整經營規劃、培訓員工等方面所支付的費用。多數情況下，后者比前者更高。

直接費用

直接費用又稱固定費用，它包括：

森林評估和審計費用；年度審計費用。

影響因素有：認證機構評估的可行性；認證實施的難易程度和規模；森林經營單位管理體制的效果和透明度；森林經營單位的大小、管理結構的復雜程度、生物多樣性的豐富程度、社會環境的多樣性以及有關活動記錄的清晰程度。一般來說，熱帶雨林的認證費用要高于溫帶林，天然林的認證費用要高于人工林。

間接費用

間接費用又稱可變費用，它與認證單位實施的森林經營體系質量有關。良好的森林經營體系就不必對現有的森林經營長遠規劃、森林作業操作規程做大的調整，也不必為培訓、森林經營等進行更大的投入，從而減少為通過認證而在這些方面所支付的費用。

認證費用與認證森林的規模相關。在同等經營水平下，規模小的森林比規模大的森林的認證費用要高。